自二十世紀中葉以來，不論是在自然科學界或人文社會科學界，跨領域研究都漸受重視，也獲得許多突破性的成果。為了推動跨領域研究，本院於十年前就有設立研究中心的構想。在民國八十三年舉行的第二十一次院士會議中，人文組院士提出研究所整合與學科重組的建議。當時擬議單一學科設研究所，跨學科及區域性研究設研究中心之原則，並建議以中山人文社會科學研究所(以下簡稱社科所)為基礎分設社會學、政治學、法學及心理學研究所。回顧近十年來實際的發展，社會學研究所與政治學研究所先後成立，法律學研究所正在規劃，在在都使社科所的發展面臨考驗。此外，本院組織法於九十一年五月通過修正，設立研究中心始有法源。於是在九十一年下半年，人文社會科學方面就先結合當時院內已存在的跨領域研究項目，規劃「蔡元培人文社會科學研究中心」(以下簡稱元培中心)，並於九十二年一月正式成立。考量社科所面臨的困境，轉型為研究中心是最可行的做法。社科所原本就包含人文社會科學方面多學科的研究專才，轉型為研究中心將有助於科際整合，推動跨領域的研究。經過多次討論，考量名稱之適切及實際之需要，乃擬議成立「中央研究院人文社會科學研究中心」，藉以容納社科所轉型後要執行的以及元培中心現有的研究項目。

        在中央研究院人文社會科學研究中心成立的同時，中山人文社會科學研究所與蔡元培人文社會科學研究中心也都將走入中央研究院的歷史，為本院研究單位間的整合留下一個紀錄。

        中央研究院人文社會科學研究中心之規畫案於九十三年三月二十五日由院務會議通過，四月十七日由評議會通過，七月一日由總統府核准成立。在人文社會科學研究中心下，成立七個專題中心和五個研究計畫。這些都是跨領域的研究項目。未來新的跨領域研究課題也可以不斷加入。對參與研究中心工作的同仁而言，提昇跨領域研究課題之研究水準將是責無旁貸的一個挑戰。